人人好，我是邓飞，今天先容一下TwoSampleMR包若何修复token人妖 telegram，从而不错使用数据库的数据进行孟德尔随即化的分析。

1，装配TwoSampleMR包

这个包在github上头，之前流行用devtools包装配github上的R包，然而devtools本人就相配难装配，好在当今有了 remotes包，这个包比拟好装配，进而github上头的包也比拟好装配了。

# install.packages("remotes")library(remotes)install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

将上头的代码贴到Rstudio中扩充，就不错了。淌若深切莫得 remote包，就把附近去掉，再开动就行了。

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2， 开动MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MR

然后发现报错了：

> library(TwoSampleMR)TwoSampleMR version 0.6.8 载入程辑包：'TwoSampleMR’The following object is masked from 'package:remotes’:    add_metadata> # List available GWASs> ao <- available_outcomes()Error in `dplyr::bind_rows()`:! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.

报错的信息是：Error in dplyr::bind_rows():! Argument 1 must be a data frame or a named atomic vector.Run rlang::last_trace() to see where the error occurred.

看起来是dplyr的错，其实不是，连接开动望望能不行读取ieu的数据：

> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')

当今的报错信息是：> bmi_exp_dat <- extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-2')Error in if (nrow(d) == 0) return(NULL) : 参数长度为零

忧伤，淌若你认为我方是R讲话大神，思从R讲话包装配的角度，包突破的角度去解决问题，终末很大可能是 砸电脑！！！

正确的解决轮换，是检察官网，淌若你把报错信息贴到网上头，好像率亦然找不到谜底，因为之前TwoSampleMR还莫得这个问题，网上的东西是相互抄，垃圾信息满天飞，第一手费力始终是官网。

https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html

内部有一句话：

From 1st May 2024， most queries to the OpenGWAS API will require user authentication. For more information on why this is necessary， see this [blog post](https://blog.opengwas.io/posts/user-auth-spring-2024/).

从2024年5月1号，TwoSampleMR包需要修复token之后，才不错阅览数据库，是以，底下即是若何修复token的问题了。

3，TwoSampleMR修复token

官方保举决议：

A：更新你的R包

Please update your TwoSampleMR and ieugwasr packages - you can use the following command to do this.

install.packages("TwoSampleMR"， repos = c("https://mrcieu.r-universe.dev"， "https://cran.r-project.org"))

B：修复token

Then you need to obtain an OPENGWAS_JWT token - see the ieugwasr documentation https://mrcieu.github.io/ieugwasr/articles/guide.html - and store it in your .Renviron file - then restart R.

Login to https://api.opengwas.io/profile/

Generate a new token

Add OPENGWAS_JWT=<token> to your .Renviron file. This file could be either in your home directory or in the working directory of your R session. You can check the location of your .Renviron file by running Sys.getenv("R_ENVIRON_USER") in R.

Restart your R session

To check that your token is being recognised， run [ieugwasr::get_opengwas_jwt()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/get_opengwas_jwt.html). If it returns a long random string then you are authenticated.

To check that your token is working， run [user()](https://mrcieu.github.io/ieugwasr/reference/user.html). It will make a request to the API for your user information using your token. It should return a list with your user information. If it returns an error， then your token is not working.

底下，我将上头的花式，相连我我方的告捷操作经由，先容一下，随着我的花式，你也确定能处治啦！

3.1 登录opengwas，注册一下

登录注册，用github账号，https://api.opengwas.io/profile/

3.2 创建token

按照底下的截图就能处治。

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把token复制一下。

淫荡妈妈3.3 在R讲话中检测是否有token

淌若之前莫得修复过，确定是莫得的。

 Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")

我的复返效果：

> Sys.getenv("R_ENVIRON_USER")[1] ""

不错看到，莫得修复。

那就需要在文档文献夹中，新建一个.Renviron文献

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3.4 把token放到新建的.Renviron文献中

OPENGWAS_JWT="这里粘贴你的token"
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3.5 重启R讲话（必须）

重启R讲话，然后键入底下代码，测试token是否修复告捷：

## 测试token是否灵验library(ieugwasr)user()

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不错看到个东谈主的信息，就修复告捷了。

4. 测试MR示例数据

library(TwoSampleMR)# List available GWASsao <- available_outcomes()# Get instrumentsexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2")# Get effects of instruments on outcomeoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP， outcomes = "ieu-a-7")# Harmonise the exposure and outcome datadat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Perform MRres <- mr(dat)

开动效果：

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作图效果：

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这就处治了人妖 telegram。

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